Evangelion: 3.0+1.01 Thrice Upon a Time đánh dấu kết thúc cho saga anime kinh điển Neon Genesis Evangelion, mở ra cùng lúc câu chuyện nhiều mong đợi và bi thương. Sau khi trải qua hành trình đầy những phong cách và chiều sâu tâm lý trong các phần tiền nhiệm, Shinji Ikari, cựu chiến binh của Q-D dự án, vẫn lạc vào vực sâu tuyệt vọng sau khi chiến đấu với những bóng ma tinh thần của chính mình. Dường như không còn một tia hy vọng, Shinji bước vào một thế giới kỳ lạ nơi anh được dẫn dắt trên một con đường tìm kiếm ý nghĩa của cuộc sống. Phim đưa Shinji đi qua những cuộc gặp gỡ tình cờ và những trải nghiệm ý nghĩa, giúp anh khám phá khía cạnh nào đó tiềm ẩn trong trái tim mình. Đặc biệt, thông qua các đoạn hội thoại kinh nghiệm, anh được giao tiếp với hi vọng và khái niệm về mặt tích cực trong cuộc sống, một điều anh dường như đã từ bỏ lâu nay.

Đây là hành trình tái sinh của Shinji, một hành trình hướng về ánh sáng sau bóng tối. Giữa những giọt nước mắt và những mảnh vỡ của quá khứ, Shinji bắt đầu chữa lành vết thương cùng với những đồng đội cũ của mình đã trở lại. Cuối cùng, dự án công cụ được triển khai một cách đầy tính khí, tập hợp mọi sự hiểu biết tinh hoa của nhân loại để tiêu diệt hiểm họa hủy diệt cánh cửa cuối cùng. Shinji, với liều lĩnh cuối cùng, đặt chân lên vai trò người anh hùng, trở thành chìa khóa để cứu thế giới. Thrice Upon a Time là sự kết thúc hoàn hảo cho câu chuyện của Shinji, kết thúc với hy vọng, tình yêu thương và sự suy ngẫm về bản chất cuộc sống.