Mất Dấu 3 tiếp tục mở rộng thế giới hành động đầy hồi hộp của CIB, nơi Tiết Gia Cường cùng đồng đội truy bắt những tội phạm nguy hiểm. Tuy nhiên, sự trở lại của Trác Khải – vị anh hùng từng bắn gục kẻ đầu não của tổ chức tội phạm Tiền Thụy An – mang lại một thông điệp bất ngờ. Sau 3 năm tù, Trác Khải lựa chọn cuộc sống yên bình với vợ mình tại quán cà phê, như một sự giải thoát khỏi bóng ma quá khứ. Quãng thời gian im ả ấy cũng không kéo dài khi Trác Khải bị đám người hắc bang truy sát, đẩy anh trở lại cuộc chiến đầy hiểm nguy. Ngay khi Gia Cường tưởng mọi thứ đã ổn định, một cú sốc mới ập đến khi Tổng Thanh Tra CIB là Chương Kỷ Tư và cố nội gián Trịnh Thục Mai nghi ngờ Trác Khải âm mưu gia nhập thế giới hắc đạo. Bên cạnh cuộc chiến phức tạp nơi dòng tiền đen cuồn cuộn, vụ án buôn bán người phi pháp lại một lần nữa nổi lên, buộc Gia Cường và Trác Khải phải hợp lực cùng Vi Tác Vinh – Trưởng phòng điều tra SIA gây tên tiếng trong giang hồ, để vén màn bí mật. Sự xuất hiện của Từ Thiên Đường, người tham gia vào khoa tình báo mới của SIA, hứa hẹn mang đến nhiều cú xoay chuyển. Và trong lúc mọi người thầm lặng đẩy lùi thế lực đen tối, Trác Khải lại bất ngờ gặp lại Đàm Hoan Hỉ, kẻ xưa nay vẫn được cho là đã khuất. Ẩn chứa trong đó là cuộc đọ sức khốc liệt bên cạnh âm mưu báo thù của Ngụy Đức Lễ – cái tên thật của Vi Tác Vinh – gù gù chơm chờ. Sự việc càng thêm phức tạp, đặt cược mối lương duyên, sự sống và cái chết cho mọi người.,