Thập kỷ 2030, tại nhịp sống sôi động của thành phố, Đội Thiếu Niên Thám Tử đã trở thành một lực lượng vô cùng nổi tiếng. Dưới sự chỉ huy của Akechi Kogorou, một vị thám tử bí ẩn đầy tài năng, nhóm đã gặt hái thành công vang dội, giải quyết vô số vụ án lớn nhỏ. Nhưng khi một thành viên là Hanazaki Kensuke tình cờ chạm ngõ với Kobayashi Yoshio, cậu bé sở hữu khả năng kỳ lạ – sự bất tử do “làn khói không xác định” bao quanh cơ thể, Đội Thám Tử Nhí lại phải đối mặt với một thử thách đầy bất ngờ. Yoshio, khao khát cái chết và cô lập bản thân, bị ám ảnh bởi bóng tối. Bởi sự thông minh và tấm lòng của mình, Hanazaki quyết định mời Yoshio gia nhập đội, hy vọng có thể giúp cậu tìm thấy hy vọng và hòa nhập trở lại. Cũng chính từ lúc này, cuộc gặp gỡ tình cờ của Yoshio với Đội Thiếu Niên Thám Tử lại nối liền một mạng lưới bí ẩn với Akechi Kogorou và Quái Nhân Nhị Thập Diện (Kẻ có 20 khuôn mặt) – tên tội phạm vĩ đại nhất mọi thời đại. Cùng với sự xuất hiện của Yoshio, ẩn chứa trong bóng tối những màn săn đuổi đầy kịch tính giữa kẻ truy kích và kẻ trốn chạy. Những bí mật từ quá khứ, những nỗ lực truy tìm sự thật, những nghi án rắc rối liên tục được hé lộ, thử thách giới hạn của sự khôn ngoan của các thám tử nhí. Liệu Yoshio có cách nào tìm về cái chết mong muốn? Cái chết có thể ly giã bạn bè, hay chính là sợi dây liên kết họ lại? Tất cả sẽ được hé lộ trong lịch sử đầy rùng rợn của Đội Thiếu Niên Thám Tử phần 2.