“Hiệu Thuốc Tại Dị Giới” là bộ anime viễn tưởng chắc chắn sẽ chinh phục những người yêu thích thể loại “cải cách y khoa” và “nhân vật xuyên không”. Câu chuyện xoay quanh Kanji Yakutani, một nhà nghiên cứu y dược tài năng, đã hy sinh cả cuộc đời để tìm ra phương thuốc cho căn bệnh đã cướp đi người em gái mình. Trớ trêu thay, cuộc đời của ông kết thúc ở tuổi 31. Nhưng phận đời đưa đẩy, ông tỉnh dậy trong một thế giới thời Trung Cổ với thân phận là một cậu bé 10 tuổi thuộc gia đình De Médicis – một dòng họ uy tín có truyền thống lâu đời tại Falma, nơi thánh thuật (ma thuật) được ban cho bởi những hộ thần. Cậu bé này hóa ra chính là vật chủ của Hộ thần Y học, được ban tặng thánh thuật huyền thoại có thể tạo ra, giảm bớt, và thậm chí ngay lập tức chẩn đoán bệnh tật một cách kỳ diệu.

Ngay từ khi bước chân vào thế giới Falma, Falma nhận ra sự tàn bạo của nền y học đương thời: chỉ có tầng lớp quý tộc mới có thể được chăm sóc sức khỏe với những phương pháp lạc hậu và vô cùng nguy hiểm. Dù còn rất trẻ, Falma quyết tâm sử dụng kiến thức hiện đại và sức mạnh thánh thuật để thay đổi tình thế. Ngay vậy, cậu bé tài năng đã gây dựng danh tiếng của mình như một dược sĩ xuất sắc, thậm chí còn được hoàng gia công nhận. Sau khi thành lập hiệu thuốc mang tên mình, Falma lên đường để thực hiện giấc mơ mang đến y tế chất lượng cho tất cả người dân đế chế San Flueve.