“Hồ Sơ Tuyệt Mật” là một bộ phim kinh dị-thuyết âm mưu xoay quanh hai đặc vụ FBI, Fox Mulder và Dana Scully, trong cuộc điều tra những trường hợp bí ẩn được gọi là “X-files”. Mulder, một người đầy nhiệt huyết tin tưởng vào sự tồn tại của người ngoài hành tinh, dấn thân vào việc này với hy vọng tìm kiếm người em gái mình đã mất tích bí ẩn. Còn Scully, người đồng nghiệp của Mulder, ban đầu cho rằng những vụ án trong X-files là giả tạo, nhưng qua thời gian, họ cùng nhau chứng kiến những bằng chứng khó lý giải, và Scully dần tin vào những hiện tượng kỳ bí. Bộ phim khắc họa mối quan hệ đầy phức tạp giữa hai nhân vật chính, từ sự nghi ngờ, khinh bỉ đến sự tôn trọng và rồi trớ lại trở về điểm ban đầu. Phim cũng là nơi giới thiệu thêm nhiều nhân vật tài năng như John Doggett. Sau khi Mulder liên tục vắng mặt, Doggett tiếp nhận nhiệm vụ điều tra X-files. Rõ ràng, Doggett hoài nghi về tính xác thực của những vụ án, trước đây ông từng là một chuyên gia về khảo sát sát hại. Cẩn trọng và thực tế, Doggett dần dần tin vào những bí ẩn do Scully cùng các bằng chứng đưa ra, mở ra một chặng đường mới đầy rẫy những nghi án và hiểm nguy cho cả hai.