Vua Trò Chơi Phần 1 là câu chuyện về hành trình tìm kiếm quá khứ của Yami Yugi, nhân cách thứ hai của cậu bé Yugi. Khi Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm, Yami Yugi chính thức xuất hiện, hỗ trợ Yugi trước những thử thách và mối đe dọa. Cả hai cùng đối đầu với Bakura, một kẻ hung hãn, vén màn bí mật về sự tồn tại của Yami Yugi và khai sinh cuộc đấu trí đầy kịch tính. Sau khi đánh bại Pegasus trên đảo Pegasus, Yami Yugi được người cựu Pharaoh mang thông tin về sự tà ác ẩn chứa trong các bảo vật ngàn năm, khơi dậy khát khao tìm kiếm gốc gác của mình.

Theo đuổi giấc mơ tìm về quá khứ, Yami Yugi, cùng với 3 lá bài thần linh, bước vào một cuộc phiêu lưu đầy thử thách. Anh ta dần hé lộ bí mật về thân phận của mình: Pharaoh thứ 18 của Ai Cập, sống cách đó 3000 năm. Những trận chiến gay cấn với sức mạnh bóng tối của Bakura, bần thần trước những hy sinh của Shadi và Kalim, đưa Yami Yugi đến gần sự thật về quá khứ của mình. Cơn bão sức mạnh bóng tối là zorc đến từ cuộc chiến chống lại Skeitscủa Zorc . Khi Yami Yugi biết mình tên là Atem nhờ sự giúp đỡ của Yugi và những người bạn, anh ta triệu hồi ba vị thần, tạo nên Horakhty, vị thần sáng chói đánh bại bóng tối của Zorc.

Sau khi quay trở lại hoàng cung, Atem đối đầu với Seto, người anh em đã bị Akhunadin điều khiển và kiểm soát. Sự hy sinh của Kisara, người yêu kiếp trước của Seto, chấm dứt sự khát khao trả thù của Akhunadin. Chứng kiến sự sáng suốt của Seto, Atem nhường ngôi lại, chiến thắng nghi thức đánh dấu kết thúc của hành trình thiêng liêng của Yami Yugi.

Trong trận đấu cuối cùng, Yami Yugi chấp nhận kết thúc nhưng để lại thông điệp về tình bạn, lòng dũng cảm, và hy vọng của chính mình.