“Vượt Ngục” là một phiên bản phim truyền hình đầy kịch tính tiếp nối câu chuyện từ phần một. Phim đưa khán giả đi theo chân tám tên tù nhân sau khi họ trốn thoát khỏi nhà tù Fox River. Bắt đầu từ tám giờ đến một điểm thời gian sau khi trốn thoát, phần hai tập trung vào cuộc hành trình ly tán của từng tên tù. Họ di chuyển khắp đất nước, né tránh sự truy đuổi của giới chức trách. Còn bên phía chính quyền, cuộc săn lùng được tiến hành bởi một loạt các nhân vật với những động cơ riêng tư. Đặc biệt, Brad Bellick, cựu quản giáo nhà tù Fox River, bỏ qua sự sa thải và tham gia cuộc truy bắt, bởi lời hứa hẹn về món tiền thưởng kếch xù.

Hơn nữa, câu chuyện cũng xoay quanh Alexander Mahone, một đặc vụ liên bang được giao trọng trách bắt giữ tám tên tù trốn thoát. Tuy nhiên, đồng thời Mahone cũng đứng chặn giữa hồi sinh của một âm mưu lớn, khi sự thật về việc ông làm việc cho Hội Đồng Hành (The Company) bị hé lộ. Hội Đồng Hành, một tổ chức quyền lực ẩn giấu, muốn 8 tên tù bị tiêu diệt mà không để lại dấu vết. “Vượt Ngục” phần hai hứa hẹn mang đến một câu chuyện đầy mê cung, lật lại những ngóc ngách sâu hun của chính quyền và những âm mưu kinh hoàng ẩn giấu phía sau.