Ninja Đối Đầu Samurai hứa hẹn một màn trình diễn mãn nhãn với sự kết hợp đầy kịch tính giữa thế giới ninja bí ẩn và võ nghệ Samurai hiên ngang. Phim xoay quanh Mumon, một gã ninja tài năng bậc nhất nhưng lại mang trong mình bản tính lười biếng. Sức mạnh phi thường của anh còn chưa được khai phá trọn vẹn, vượt trội so với những kĩ năng của các ninja khác, mà anh lại chuộng cuộc sống an nhàn của mình. Có một biến cố đã thay đổi mọi thứ, khi Mumon bất đắc dĩ giết chết một Samurai từ một gia đình có thế lực. hành động ngớ ngẩn này đã khơi dậy một cuộc chiến khốc liệt và tàn bạo, với quy mô trải rộng hơn tưởng tượng. Quân đoàn ninja của tỉnh Iga và lực lượng nô bộc của daimyo Nobukatsu Oda ở tỉnh Ise, hai thế lực đầy tham vọng, đều tìm cách dánh thức sức mạnh của Mumon để phục vụ cho mưu đồ của riêng họ. Bị cuốn vào dòng chảy của chiến tranh, Mumon buộc phải đối mặt với bản thân, lựa chọn giữa cuộc sống buôn bán kiếm tiền của mình trước đây và trách nhiệm của một gã ninja tài năng. Chuyến hành trình này sẽ thử thách giới hạn bản thân anh, đưa anh đến những khám phá chưa từng biết về bản thân, sự thật và ý nghĩa của cuộc sống.